3度目の諫暁も幕府が用いなかったため、日蓮大聖人は鎌倉を離れることを決意し、文永11年(1274年)5月に甲斐国波木井郷(山梨県南巨摩郡身延町波木井とその周辺)の身延山に入られました。しかし、大聖人の身延入山は、決して隠棲(俗世間から離れて静かに住むこと)などではありませんでした。
身延において大聖人は「撰時抄」「報恩抄」をはじめ、数多くの御書を執筆されて、大聖人の仏法の重要な法門を説き示されました。特に、三大秘法(本門の本尊、本門の戒壇、本門の題目)を明らかにされました。
さらに、法華経の講義などを通して、未来の広宣流布を担う人材の育成に全力を注がれました。
また、各地の男性・女性の在家門下に対し、数多くの御消息(お手紙)を書き送って励まされています。
日蓮大聖人の身延入山後に、駿河国(静岡県中央部)の富士方面では、日興上人が中心となって折伏・弘教が進められ、天台宗などの僧侶や信徒が、それまでの信仰を捨てて、大聖人に帰依するようになりました。
そのために、地域の天台宗寺院による迫害が始まり、大聖人に帰依した人々を脅迫する事件が次々に起こりました。
弘安2年(1279年)9月21日には、熱原の農民門下20人が、無実の罪を着せられて逮捕され、鎌倉に連行されました。
農民門下は平左衛門尉の私邸で拷問に等しい取り調べを受け、法華経の信心を捨てるよう脅されましたが、全員がそれに屈せず、信仰を貫き通しました。
農民門下たちの不惜身命(仏道修行のためには身命を惜しまないこと)の姿に、大聖人は、民衆が大難に屈しない強き信心を確立したことを感じられて、10月1日に著された「聖人御難事」で、立宗以来「二十七年」目にして、大聖人自身の「出世の本懐」を示されました。「出世の本懐」とは、この世に出現した根本の目的という意味です。
最終的に、神四郎・弥五郎・弥六郎の3人の農民門下が処刑され、残る17人は居住する地域から追放されました。この弾圧を中心とする一連の法難を「熱原の法難」といいます。
この熱原の法難において、三大秘法の南無妙法蓮華経を受持して、不惜身命の実践で広宣流布する民衆が出現したことは、日蓮大聖人の教えが万人に開かれた民衆仏法として確立したことを示すものでした。
また、この法難において、大聖人門下は異体同心の信心で戦いました。特に、近隣の青年門下・南条時光は同志を守るなど活躍しました。
弘安5年(1282年)9月8日、大聖人は、弟子たちの勧めで常陸国(茨城県北部と福島県南東部)へ湯治に行くとして、9年住まわれた身延山を発たれました。
その後、 武蔵国池上(東京都大田区)にある池上宗仲の屋敷に滞在されると、後事について種々定められました。
9月25日には、病を押して、門下に対し「立正安国論」を講義されたと伝えられています。
そして、弘安5年(1282年)10月13日、日蓮大聖人は、池上宗仲邸で、「法華経の行者」として生き抜かれた61歳の尊い生涯を終えられたのです。
大聖人御入滅後、日興上人はただ一人、不惜身命の広宣流布の精神と行動を正しく受け継がれました。
日興上人は、日蓮大聖人を、末法の一切衆生を救う教主(末法の御本仏)と仰ぎ、大聖人が顕された南無妙法蓮華経の御本尊を根本とし、さらには自ら御本尊を書写し、門下たちに授与されました。そして、立正安国の実践を貫かれました。
また、大聖人が著された全ての著述を「御書」として大切にされ、末法の聖典と拝して研鑽を奨励し、行学の二道に励む多くの優れた弟子を輩出されたのです。